两种途径在商标注册申请审查方面并无差别。
其主要区别是发生联系的方式不同、提交的书件和文件递交方式稍有差别。
在发生联系的方式方面，直接到商标局办理的，在办理过程中申请人与商标局直接发生联系;委托商标代理机构办理的，在办理过程中申请人通过商标代理机构与商标局发生联系，而不直接与商标局发生联系。
在提交的书件方面，直接到商标局办理的，申请人除应提交的其他书件外，应提交经办人本人的身份证复印件;委托商标代理机构办理的，申请人除应提交的其他书件外，应提交委托商标代理机构办理商标注册事宜的代理委托书。
在文件递交方式方面，申请人自行办理的，由申请人或经办人直接将申请文件递交到商标注册大厅受理窗口;商标代理机构可以将申请文件直接递交、邮寄递交或通过快递企业递交商标局，也可以通过网上申请系统提交商标注册申请。
在文件送达方式方面，申请人自行办理的，商标局的各种文件是送达当事人;委托商标代理机构办理的，文件送达商标代理机构。
自己直接办理的优势在于省钱，劣势在于话费更多的时间，来回的跑其实整体的时间成本和总体费用算下来成本更高。
代理的优势在于节省时间成本，有专人设计，会有专业近似率排查，提高通过率
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